Afyon hadisesi başlamadan evvel Diyanet İşleri Reisi Ahmed Hamdi Akseki, Said Nursî'den iki takım Risale-i Nur eserlerini, bir takımını Diyanet İşleri Kütüphanesine koymak, bir takımını da şahsına alıkoymak için istemişti. Fakat hapis hadisesi çıktı, gönderilemedi. Üstad, hapisten sonra Emirdağı'na geldiği vakit, evvelce hazırlanan iki takımı tashih ederek Ahmed Hamdi'ye gönderdi ve aşağıdaki mektubu kendisine yazdı.
Muhterem Ahmed Hamdi Efendi,
Bir hadise-i ruhiyemi size beyan ediyorum: Çok zaman evvel zâtınız ve sizin mesleğinizdeki hocaların, zarurete binaen ruhsata tâbi ve azîmet-i şer'iyeyi bırakan fikirlerlerine, benim fikirlerim muvafık gelmiyordu. Ben hem onlara, hem sana hiddet ederdim. "Neden azîmeti terk edip ruhsata tâbi oluyorlar?" diye, Risale-i Nur'u doğrudan doğruya sizlere göndermezdim. Fakat, üç dört sene evvel kalbime, size karşı tenkitkârâne bir teessüf geldi. Birden ihtar edildi ki:
"Bu senin eski medrese arkadaşların olan başta Ahmed Hamdi gibi zatlar, dehşetli ve şiddetli bir tahribata karşı 'ehvenüşşer' düsturuyla bir kısım vazife-i ilmiyeyi mukaddesatın muhafazasına sarf edip tehlikeyi dörtten bire indirmeleri, onların mecburiyetle bazı ruhsatlarına ve kusurlarına inşaallah kefaret olur" diye kalbime şiddetle ihtar edildi.
Ben dahi sizleri ve sizin gibilerini, o vakitten beri yine eski medrese kardeşlerim ve ders arkadaşlarım diye hakikî uhuvvet nazarıyla bakmaya başladım. Onun için benim bu şiddetli tesemmüm hastalığım vefatımla neticelenmesi düşüncesiyle, Nurlara benim bedelime hakikî sahip ve hâmi ve muhafız olacağınızı düşünerek, üç sene evvel sizin ısrarla bir takım Risale-i Nur'u istemenize binaen vermek niyet etmiştim. Şimdi hem mükemmel değil, hem tamamı değil; Nur şakirtlerinden üç zatın on, on beş sene evvel yazdıkları bir takımı sizin için