Van Valisi merhum Tahir Paşanın konağında onu ilzam eder. Ve yine aynı surette bir muaraza neticesinde, beş gün zarfında kimya-yı gayr-ı uzvîyi elde ederek, kimya muallimiyle muarazaya girişir ve onu da ilzam eder. İşte pek genç yaşındaki mezkûr harikulâdeliklere ve bahr-i umman halinde bir ilme mâlikiyetine şahit olan ehl-i ilim, Molla Said'e "Bediüzzaman" lâkabını vermiştir. Bediüzzaman, Van'da bulunduğu müddet zarfında, o zamana kadar edindiği fikir ve mütalâalar ve ilmî ve dinî tedris usullerini görmekle ve zamanın ihtiyac-ı zarurîlerini nazar-ı itibara almakla kendisine mahsus bir usul-ü tedris icad eder. Bu da, hakaik-i diniyeyi asrın fehmine uygun en yeni izah ve beyan tarzlarıyla ispat etmek suretiyle talebelerini tenvir etmektir.
Molla Said, Van'da bulunduğu zamanlarda, bazı hususlarda o havalinin ulemasına muhalif bulunuyordu.Haşiye Bu hususlar şunlardır:
1. Kat'iyen hiç kimseden hediye olarak para almamak ve maaş bile kabul etmemek. Evet, hayatta hiçbir maddî mülkiyeti olmayıp, fakir ve kimsesiz ve daimî nefiy ve hapislerle çok sıkıntılı ve dehşetli musibetler içerisinde yaşadığı halde kimseden para ve mukabelesiz hediye almadığı, bilmüşahede görülmüştür.
2. Hiçbir âlimden sual sormamak. Yirmi sene zarfında, daima ancak sorulanlara cevap vermişti. Bu hususta kendileri derlerdi ki: "Ben ulemanın ilmini inkâr etmem; binaenaleyh kendilerinden sual sormak fazladır. Benim ilmimden şüphe edenler varsa sorsunlar, onlara cevap vereyim."
3. Yanında bulunan talebelerini aynı kendisi gibi zekât ve hediye almaktan men etmek. Onları da yalnız rıza-yı İlâhî için çalıştırırdı. Hattâ çok zamanlar talebelerini kendi iaşe derdi.
4. Daima mücerred kalmak ve dünyada hiçbir şeyle alâka peyda etmemek. Bunun içindir ki, "Bütün malımı bir elimle kaldırıp götürebilmeliyim" demiştir. Bu halin sebebi sorulunca, "Bir zaman gelecek, herkes benim halime gıpta edecektir. Saniyen, mal ve servet bana lezzet vermiyor; dünyaya ancak bir misafirhane nazarıyla bakıyorum" derdi.